山东大学附设工农速成中学（1952.11——1958.7）
1952年，正值建国初期，国家为了培养社会主义建设骨干人才,为了满足工农干部读书学习的需要,借鉴苏联的经验，在各地创办了一批工农速成中学。山东大学附设工农速成中学（简称山大工农速中、速中）在这种形势下应运而生。山东大学校长华岗同志亲自兼任速中校长，赵凌同志（时任山东大学教务主任）任副校长，邵平同志（时任山东大学中文系党支部书记）任党支部书记。第一期招生138名，全国劳动模范郝建秀同志（第十届全国政协副主席）成为第一期学员。
1952年11月30日举行了隆重的开学典礼。
山大工农速中自1952年创办至1958 年结束共招收三届学生，1952年招收的第一届学生，实行三年学制(自第二届开始改为四年制)。在这段时间内，速中学生要完成从初小到高中的全部课程。学生毕业后，大都保送到大学继续学习。
1958年暑期，山大工农速中第三届(也是最后一届）学生毕业后，山大工农速中从此结束了她的历史使命。
山东大学附属中学（1958.7——1959.7）
山东大学附设工农速成中学停办后，原校名改为山东大学附属中学（简称山大附中），属于纯高中学校。分文、理两科，学制二年。
邵平同志任校长兼校党支部书记。
山东海洋学院附属中学（1959.7——1963.7）
1959年山东大学迁校至济南，原校址成立山东海洋学院，山大附中随之更名为山东海洋学院附中。
山东海洋学院附中（简称海院附中）是一所普通高级中学，由山东海洋学院党委直接领导，中央教育部直接拨款办学，面向全省招收学生。设高中10个班，分文、理科。教职员工30余人，校舍在海洋学院校园内，即今天的海洋大学水产系教学楼。
邵平同志任校长兼党支部书记，孙陆一任副校长兼教导主任。
山东省青岛第三十九中学（1963.7——2003.12）
1962年5月，山东海洋学院决定停办附属中学。
1963年夏，青岛市教育局接收了海洋学院附中的师生员工和设施，更名为山东省青岛第三十九中学，隶属于青岛市教育局。新校址位于青岛市市南区登州路5号。
余吾我同志任青岛三十九中首任校长。路振英同志为校党支部首任书记。
上世纪70年代，校文艺宣传队成立，奠定了学校文艺教育特色的基础。从这里走出了一批批演艺明星，被称为“青岛三十九中现象”；三十九中也被社会誉为“艺术明星的摇篮”。
1982年，青岛三十九中被青岛市教育局确定为市重点中学。
1991年学校开始招收初中艺术班；1994年高中开始招收艺术班，学制各为三年。学校逐步走上了艺术教育发展的规范化道路。
1994年，山东省教委艺术教育委员会授予青岛三十九中“山东省艺术教育示范学校”，同年被青岛市教委命名为“青岛市艺术教育特色学校”。
1997年，青岛市实行高初中分离办学，同年青岛三十九中停止高中招生，2000年最后一届高中生毕业。直到2004年恢复高中招生。
2002年10月18日，在青岛市体育馆集会，隆重庆祝建校50周年。
山东省青岛第三十九中学
中国海洋大学附属中学（2003.12——）
2003年12月31日，在中国海洋大学举行《青岛市教育局和中国海洋大学共建青岛三十九中并加挂中国海洋大学附属中学校牌框架协议》的签字仪式。中共青岛市委、青岛市政府及中国海洋大学的领导出席了签字仪式。赵强校长和林艺霞书记作为青岛第三十九中学的代表出席了签字仪式。中国海洋大学管华诗校长和青岛市教育局杜小悌局长在共建协议上签字。
2004年5月17日，隆重举行“中国海洋大学附属中学”挂牌仪式，青岛三十九中正式成为中国海洋大学附属中学。
2004年秋季，学校恢复高中招生。成为包括高、初中在内的普通完全中学。
2009年4月23日，中国音乐学院院长、著名声乐教育家金铁霖教授亲临学校，代表中国音乐学院和青岛三十九中（中国海洋大学附中）签订了合作办学协议。白刚勋校长和中国音乐学院管弦乐系主任侯俊侠分别在协议书上签字。青岛三十九中成为“中国音乐学院教学实践与生源基地”，这是中国音乐学院唯一的一个校外教学实践基地。
2011年4月29日，国家海洋局授予青岛三十九中（中国海洋大学附中）全国首个“海洋意识宣传教育基地”。
2011年7月，由青岛凤凰传媒有限公司、青岛三十九中（海大附中），青岛电影发行放映公司联合摄制的青春励志电影《十五岁的笑脸》，在青岛三十九中举行开机仪式。剧中的所有演员全部由39中的校友和在校学生担当。唐国强、倪萍、尹建平等校友是电影的总策划。电影的出品人是白刚勋校长。电影引起了教育部、国家广电总局、共青团中央等部门的高度关注。2012年3月在北京161中学和青岛三十九中分别举行了这部电影的首映式。同年8月，该片在第九届美国圣地亚哥国际儿童电影节获得最佳故事片奖。
2011年9月，学校首个“海洋教育创新人才培养实验班”开班。青岛三十九中（中国海洋大学附中）成为全市乃至全省唯一一所以培养海洋科技后备人才为目标的海洋特色中学。
2012年6月8日，世界海洋日暨全国海洋宣传日，由国家海洋局等单位主办的“蓝色海洋·你我同行”中外优秀海洋影片巡展首映礼暨年度海洋人物颁奖仪式在北京举行。青岛三十九中白刚勋校长被评为“2011年度全国十大海洋人物”。